Как отмечают работники музея, сложность восстановления заключалась в том, что необходимо было сохранить все архитектурные особенности строения и представить его уникальность. Для этого были сделаны неординарные шаги в конструктивном усилении фундамента и перекрытий, применены новейшие технологии и материалы в отделке фасадов и интерьеров. Отмечается, что сейчас историческое здание Радищевского музея соответствует всем современным требованиям хранения и экспонирования произведений искусства, оснащено новейшими системами освещения, климат-контроля, безопасности, видеонаблюдения, повески.

В музее создана новая экспозиция - "Шедевры коллекции". Принцип ее построения - стилистико-исторический. Выделены залы древнерусского искусства, включающие иконы 16-го века "Чудо Георгия о Змие и избранные святые", "Пресвятая Тихвинская Богородица", "Пресвятая Богородица Неопалимая Купина", "О тебе радуется", образа 17-19-го веков; залы искусства 18-го столетия (полотна Рокотова, Левицкого, Боровиковского); 19-го века, в русле которого представлены портретные шедевры Кипренского, Брюллова, марины Айвазовского.

В залах западноевропейской живописи музея экспонируются произведения средневековой традиции (немецкие мастера 15-го века), итальянская живопись 15-17-го столетий (школа Перуджино, Вазари, Якопо Бассано, Сальватор Роза), искусство Фландрии 17-го века. (Луис де Колери, Франс Фраккен II, Вербрюгген Младший). Также представлены малые голландцы, французский натюрморт и французская барбизонская школа пейзажа. Отдельная часть экспозиции - это мемориальные залы, раскрывающие перед посетителями масштабы фигуры основателя музея Алексея Боголюбова, диапазон его интересов, историю сложения коллекции и историю музея.

Открытие новых проемов, арок, активное использование неповторимой, созданной специально для музея архитектуры здания, позволило активнее представить собрание декоративно-прикладного искусства, включая интерьеры, считают в музее.